Sungguhpun istilah "ethnobotani" tidak dicipta sehingga 1895 oleh pakar botani US John William Harshberger, sejarah bidang ini bermula lama sebelum itu. Pada 77 AD, pakar bedah Yunani Dioscorides menerbitkan "De Materia Medica", yang merupakan katalog sekitar 600 tumbuhan di Mediterranean. Ia turut memasukkan maklumat mengenai bagaimana orang-orang Yunani menggunakan tumbuhan itu, terutama untuk tujuan perubatan. Buku herbal bergambar ini mengandungi bagaimana dan bila setiap tumbuhan diambil, samaada ia beracun atau tidak, kegunaan sebenarnya, dan samaada ia boleh dimakan atau tidak (ia turut memasukkan resepi). Dioscorides menekankan potensi ekonomi tumbuhan. Selama beberapa generasi, cendekiawan belajar dari buku herbal ini, tetapi tidak sendiri pergi kepadang sehingga selepas Abad Pertengahan.

Pada tahun 1542 Leonhart Fuchs, artis Renaissance, mendahului kembali kelapangan. Katalog "De Historia Stirpium" nya menyenaraikan 400 tumbuhan tempatan bagi Jerman dan Austria.

John Ray (1686–1704) memberikan takrifan pertama "spesies" dalam bukunya "Historia Plantarum": spesies adalah set individu yang bangkit melalui melahirkan individu yang sama dengan diri mereka.

Pada tahun 1753 Carl Linnaeus menulis "Species Plantarum", yang memasukkan maklumat berkanaan 5,900 tumbuhan. Linnaeus terkenal bagi mencipta kaedah binomial bagi tatanama, bagi mana semua spesies diberikan dua bahagian nama (genus, spesies).

Pada abad ke-19 melihat kemuncak penjelajahan botani. Alexander von Humboldt mengumpulkan data dari dunia baru, dan pengembaraan James Cook membawa balik koleksi dan maklumat berkenaan tumbuhan di Pasifik Selatan. Pada masa ini taman botani utama bermula, sebagai contoh Taman Botani Diraja, Kew.

Edward Palmer mengumpul artifak dan contoh botani dari manusia di Utara Amerika Barat (Lembangan Besar) dan Mexico dari 1860-an sehingga 1890-an.

Apabila maklumat mencukupi wujud, bidang "botani penduduk asli" diasaskan. Botani penduduk asli merupakan kajian bagi semua bentuk sayuran yang digunakan oleh penduduk asli sebagai makanan, perubatan, tekstil, perhiasan, dll.

Individu pertama mengkaji perspektif emic bagi dunia tumbuhan merupakan pakar perubatan Jerman yang bekerja di Sarajevo pada akhir abad ke-19: Leopold Glueck. Hasil kerjanya yang diterbitkan berkenaan kegunaan tumbuhan tradisi perubatan yang digunakan oleh penduduk luar bandar Bosnia (1896) boleh dianggap hasil kerja etnobotani moden pertama.

Istilah "ethnobotany" pertama kali digunakan oleh pakar botanisi John W. Harshberger pada tahun 1895 ketika dia mengajar di Universiti Pennsylvania. Sungguhpun istilah ini tidak digunakan sehingga 1895, minat pratikal bagi etnobotani kembali sejauh permulaan tamadun ketika manusia bergantung pada tumbuhan bagi terus hidup.

Cendikiawan lain menganalisa kegunaan tumbuhan di bawah pandangan tempatan/asal pada abad ke-20: contoh. Matilda Coxe Stevenson, pokok Zuni (1915); Frank Hamilton Cushing, makanan Zuni (1920); Keewaydinoquay Peschel, Fungi Anishinaabe (1998), dan pendekatan berpasukan Wilfred Robbins, JP Harrington, dan Barbara Freire-Marreco, Pokok Tewa pueblo (1916).

Pada awalnya, kajian dan contoh etonobotani tidak boleh diharapkan dan kadang kala tidak berguna. Ini disebabkan pakar botani dan anthropologi tidak bekerja sama dalam kerja mereka. Botani menumpu pada mengenal pasti spesies dan bagaimana tumbuhan digunakan dan bukannya menumpu bagaimana tumbuhan berada dalam kehidupan manusian. Disebaliknya, anthropologi berminat mengenai peranan budaya tumbuhan dan bukannya aspek saintifiknya. Dengan itu, data etnobotani awal tidak benar-benar mengandungi maklumat kedua pihak. Pada awal abad ke-20, botani dan anthropologi akhirnya bekerjasama dan pengumpulan data terperinci dan boleh diharap bermula.